创建於清乾隆36年（1771年），相传开基妈姐（香灯妈）系清朝康熙53年（西元1714年）福建水军都督吴将军受命平定福建沿海海寇，为求剿罪顺利，亲往湄洲天后宫迎回圣母第十二分灵金身，供奉於主帅船上，一日遇暴雨，战船飘抵今日房里溪口「船头埔」，吴者督随军登陆，即请圣母神像暂奉於苑里望族陈五志宅中，扫平贼乱後，陈氏及地方信众恳留圣母镇卫，驻留苑里，佑护国泰民安。慈和宫因位於苑里房里城外，故称「城外妈祖」，与城内妈祖顺天宫同为当地居民的信仰中心。